SRA格式转FASTQ格式

NCBI的高通量数据由于空间缘故都转换成了SRA格式,需要转换成FASTQ格式才能分析。

NCBI提供了SRA Toolkit这一工具,链接地址:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software

使用fastq-dump命令将SRA格式转换成FASTQ格式:
基本用法:fastq-dump SRR123456.sra
参数说明:
-O 指定输出目录
–split-3 对于双末端测序,一定使用这个参数,将一个*.sra文件转换成*_1.fastq和*_2.fastq两个文件,否则就会转换成一个*.fastq文件,后续的分析会出错。
更多参数,使用–help查看

 

两个-,wordpress会显示成–,哎