使用CNCI分析lncRNA

CNCI是中科院计算所赵屹团队开发的一款从转录组中分析编码RNA和非编码RNA的软件。赵屹团队在非编码RNA领域做了很多出色的工作,建立了目前最权威的非编码RNA数据库NONCODE。

文章发表在Nucleic Acids Research:http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2013/08/06/nar.gkt646.long
Github主页:https://github.com/www-bioinfo-org/CNCI

CNCI的安装:
CNCI使用了SVM(支持向量机)分类,其安装过程主要是编译libsvm。
tar zxvf CNCI_version2.tar.gz
cd CNCI_package
unzip libsvm-3.0.zip
cd libsvm-3.0
make
cd ..

CNCI的运行:
基本命令为:python CNCI_package/CNCI.py -f novel.fasta -o CNCI_out -m ve -p 4
参数说明:
-f 输入fasta文件(可以使用-g参数输入GTF文件,但是同时需要使用-d参数指定参考基因组的目录)
-o 输出结果目录
-m 指定模式,脊椎动物选择ve,植物选择pl
-p 指定CPU核数
更多用法参看帮助文档

小提示:
CNCI的运行目录一定要在CNCI_package所在目录,不要到CNCI_package目录下运行CNCI,否则会报错。
fasta文件中的注释,也就是”>”开头的那一行,不要有空格,可能也会报错。如果有空格,考虑将空格替换为下划线。
软件有点小瑕疵吧……