转录组差异表达分析工具Ballgown

Ballgown是分析转录组差异表达的R包。

软件安装:
运行R,
source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)
biocLite(“ballgown”)
R会自动安装Ballgown,及相应的依赖包。

Ballgown的输入文件
StringTie使用-B参数直接生成Ballgown的输入文件,Cufflinks的输出结果需要使用Tablemaker生成Ballgown的输入文件。
一个有5个输入文件,分别是:
e_data.ctab,外显子水平表达量;
i_data.ctab,内含子水平表达量;
t_data.ctab,转录本水平表达量;
e2t.ctab,外显子与转录本的对应关系;
i2t.ctab,内含子与转录本的对应关系。

Tablemaker
tablemaker -p 4 -q -W -G merged.gtf -o sample01_output sample_01/accepted_hits.bam
-p 指定线程数
-q 去冗余
-W 运行模式是tablemaker,而不是Cufflinks模式
-G 指定组装好的GTF文件,这个文件由cuffmerge生成
BAM文件是最后一个参数,这个文件由Tophat生产

运行Ballgown
运行R
载入Ballgown包
library(ballgown)
载入数据,并创建一个ballgown项目
bg = ballgown(dataDir=’D:\extdata’, samplePattern=’sample’, meas=’all’)
指定分组,及重复样本数目:
pData(bg) = data.frame(id=sampleNames(bg), group=rep(c(1,0), each=3))
差异表达分析:
stat_results = stattest(bg, feature=’transcript’, meas=’FPKM’, covariate=’group’)

有些地方我写得不是很清楚,有一个英文的Tutorial写得非常好。
https://github.com/alyssafrazee/ballgown