RNA-Seq数据分析流程

RNA-Seq分析流程用的最多的是Tuexo workflow,如下图所示,
tuxedo_workflow

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

这套流程最大的优势在于,软件衔接非常好,Tophat比对、cufflinks组装、cuffdiff差异表达,Nature protocol还发表了一篇详细的操作手册。

但是,很多人都说cufflinks推出的FPKM算表达量并不好。cufflinks这帮大牛后面也意识到了问题,推出了cuffquant、cuffnorm、cuffdiff2,做出了一些修正,效果还是差强人意。cufflinks这帮大牛又开发出HISAT来替代Tophat,StringTie替代cufflinks。

HISAT2比对,StringTie组装,使用HTseq提供的脚本重新计算转录本对应的reads数目,用DEseq2进行差异表达分析,是最靠谱的选择。