使用Cytoscape分析和可视化网络(简介)

Cytoscape是一款用于分析和图形化展示网络的软件。Cytoscape最基本的组织形式是网络图,分子(基因或者蛋白)表示一个节点,分子间的相互作用表示一个边。Cytocape软件本身只提供一些基本的功能,更多深入分析的功能需要依靠插件。而Cytocape最具魅力的地方也在于它拥有丰富的插件,例如,用于GO注释的BiNGO,用于功能模块分析的jActiveModules,用于文本挖掘构建网络的Agilent Literature Search……

Cytoscape开源、免费、跨平台,可以从它的官网(http://www.cytoscape.org/)下载,并免费使用。当前最新版本为Cytoscape 3.3.0,需要先安装Java 8。
Cytoscape用户指南:http://opentutorials.cgl.ucsf.edu/index.php/Portal:Cytoscape3

Cytoscape相关文献:
1. Shannon, P., Markiel, A., Ozier, O., Baliga, N.S., Wang, J.T., Ramage, D., Amin, N., Schwikowski, B. and Ideker, T. (2003) Cytoscape: a software environment for integrated models of biomolecular interaction networks. Genome research, 13, 2498-2504.
2. Cline, M.S., Smoot, M., Cerami, E., Kuchinsky, A., Landys, N., Workman, C., Christmas, R., Avila-Campilo, I., Creech, M., Gross, B. et al. (2007) Integration of biological networks and gene expression data using Cytoscape. Nature protocols, 2, 2366-2382.
3. Smoot, M.E., Ono, K., Ruscheinski, J., Wang, P.L. and Ideker, T. (2011) Cytoscape 2.8: new features for data integration and network visualization. Bioinformatics, 27, 431-432.
4. Saito, R., Smoot, M.E., Ono, K., Ruscheinski, J., Wang, P.L., Lotia, S., Pico, A.R., Bader, G.D. and Ideker, T. (2012) A travel guide to Cytoscape plugins. Nature methods, 9, 1069-1076.

本教程依据07年和12年的两篇文献来写的,相当于一个中文简略版,建议大家直接读英文原文。

Cytoscape分析和可视化网络,大概可以分为五个步骤:
1. 获得网络数据(Obtain network data)
2. 探索网络并输出(Explore network and generate layout)
3. 用表达信息或者其他功能属性注释(Annotate with attribute and expression data)
4. 分析网络特征(Analyze network features)
5. 基因功能富集(Detect enriched gene functions)