HTSeq

安装C/C++编译环境
Ubuntu缺省情况下,并没有提供C/C++的编译环境,运行以下命令安装:
sudo apt-get install build-essential

安装setuptools
setuptools可以更方便的创建和发布Python包,HTSeq的安装依赖setuptools
下载setuptools-20.3.1.tar.gz
tar zxvf setuptools-20.3.1.tar.gz
cd setuptools-20.3.1/
sudo python setup.py install

安装Cython
Cython是Python的C扩增,可以让Python程序更加高效。HTSeq依赖cython。
sudo apt-get install cython

安装Numpy
Numpy是Python科学计算基本库,提供了许多高级的数值编程工具。HTSeq依赖Numpy。
sudo apt-get install python-numpy

安装Zlib
Zlib是zlib是提供数据压缩用的函数库。pysam依赖Zlib。
下载zlib128.zip
unzip zlib128.zip
cd zlib-1.2.8/
./configure
make
sudo make install

安装pysam
pysam可以操作很多基因组数据,包括SAM/BAM/VCF/BCF/BED/GFF/GTF/FASTA/FASTQ。HTSeq依赖pysam。
下载pysam-0.9.0.tar.gz
tar zxvf pysam-0.9.0.tar.gz
cd pysam-0.9.0/
sudo python setup.py install

安装HTSeq
下载HTSeq-0.6.1.tar.gz
tar zxvf HTSeq-0.6.1.tar.gz
cd HTSeq-0.6.1/
sudo python setup.py install

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