使用JBrowse搭建基因组浏览器服务

JBrowse是一款快速的,可以嵌入的基因组浏览器,它采用JavaScript和HTML5开发,同时提供了perl脚本处理数据。JBrowse采用了Ajax技术,主要的计算在客户端上完成, 对服务器资源的占用非常低,速度非常快,可以轻松部署上G的数据。JBrowse支持GFF3, BED, FASTA, Wiggle, BigWig, BAM, VCF (with tabix), REST等众多数据格式,BAM, BigWig,VCF格式的数据可以不需要转换而直接使用。 JBrowse对系统依赖非常低,只需要一个web服务器,因此部署起来非常方便。

下载JBrowse最新版本,然后安装:

unzip JBrowse-1.12.1.zip
cd JBrowse-1.12.1
./setup.sh

./setup.sh这一步需要安装很多perl依赖库,需要的时间可能有点久。如果报错,请查看setup.log文件,一般是系统可能缺某个依赖库。

安装好之后,我们将JBrowse-1.12.1下所有文件拷贝到网站根目录,这里我们使用Nginx作为web服务器。有关Nginx的安装和配置,参加另一篇博客文章:http://blog.biochen.com/archives/797

sudo mv * /usr/local/nginx/html/

访问http://127.0.0.1可以看到欢迎页面:
JBrowse_0

访问http://127.0.0.1/index.html?data=sample_data/json/volvox可以看到示例页面:
JBrowse_1