PhastCons、PhyloP和保守性

全基因组多序列比对的主要目的是揭示基因组中进化上保守的和非保守的区段以及它们的分布。但是,在碱基层次观察多个全基因组的多序列比对结果和序列保守性非常不方便;其次,许多功能区段的保守性介乎高度保守和完全不保守之间;再者,保守性要能予以方便的显示。上述三点使UCSC基因组浏览器使用两个软件PhastCons和PhyloP把由MULTIZ产生的多序列比对结果转换成两种单一的保守性计分和显示,这两个方法都基于已知的种系树结构和利用一个称作phylo-HMM的隐马尔可夫模型种系分析方法。

PhyloP只考虑比对的当前列而PhastCons同时也考虑比对列的相邻列,这使得PhastCons对于保守区段的出现更敏感而PhyloP对于保守区段的界定更有效。PhyloP和PhastCons之间的另一个区别是,PhyloP能够识别加速进化和保守进化的位点,它们分别产生正的和负的计分,而PhastCons的计分总是一个0至1之间的正值。

PhyloP和PhastCons多物种比对文件可以从UCSC基因组浏览器的网站上下载,他们还有提供了bigWigAverageOverBed这个工具。

用法非常简单,只是输入文件in.bw、in.bed和输出out.tab必须是这个名字。