Python脚本过滤大于200nt的转录本

lncRNA是大于200nt的,有时候我们就需要过滤出大于200bp的转录本,可以用Python写一个脚本轻松实现这个功能。

import sys, getopt
opts, args = getopt.getopt(sys.argv[1:], "hi:o:")
input_file = ""
output_file = ""
for op, value in opts:
    if op == "-i":
        input_file = value
    elif op == "-o":
        output_file = value
    elif op == "-h":
        print("Usage: python filter.py -i input.fasta -o output.fasta")
        sys.exit()
Input_file = open(input_file)
Output_file = open(output_file,"w")
fa_Name = ""
fa_Seq = ""
for line in Input_file.readlines():
    line = line.rstrip()
    if line[0] == ">":
        if len(fa_Seq) >= 200:
            Output_file.write(fa_Name + "\n")
            while len(fa_Seq) > 60:
                Output_file.write(fa_Seq[:60] + "\n")
                fa_Seq = fa_Seq[60:]
            Output_file.write(fa_Seq + "\n")
        fa_Seq = ""
        fa_Name = line
    else:
        fa_Seq = fa_Seq + line

考试是为了将人区分开

作为一名研究生,还要受考试的折磨,真的很疼!
我们学院研究生课程基本上没啥用,有些课程甚至老师也懒得上。14级以前,研究生的课程成绩是不重要的,考试可以抄袭,甚至找人替考。我曾经就帮好几个师兄抄过卷子。14级以后,国家出台政策,以学业奖学金代替公费制度。要评奖学金,课程成绩肯定是少不了的,于是各种考试又来折磨人了。
考试的内容仍然是那么无聊,不是名词解释就是简答论述。研究生考试的一个好处就是开卷,这下头不是那么疼了,手疼。同学都写了密密麻麻的,自己少写一点都不好意思,何况还跟评奖学金有关。对于一些无聊的问题,无聊地去网上找答案,然后工整地誊写在卷子上,这样子有意义吗?如果考试得了高分,能说明掌握这么课程了吗?或者能说明比别人多学会了一些知识或者技能?我想都不能。
我的一个老师说,考试最大的意义或许就是把人区分开。资源(奖学金)总是有限的,只能满足一部分人,那么该满足谁呢?那就需要设定一个规则。这个规则合不合理或许真的不重要,能有区分度就好。饱受诟病的高考是这样子的,各种苛刻的求职(任职)门槛也是这样子的……
我很不擅长考试,为了不饿肚子,也得拼了!